Grants/Grieg: Difference between revisions

From Laboratory of Modeling in Biology and Medicine
Jump to: navigation, search
mNo edit summary
No edit summary
Line 1: Line 1:
(to be updated)
<ul class="nav nav-pills" id="grieg-tabs" role="tablist">
  <li class="nav-item active"><btn id="tab1Label" data-toggle="tab" class="nav-link active" role="tab" aria-controls="grieg-subtab-en" aria-selected="true">#grieg-subtab-en|English</btn></li>
  <li><btn id="btn2Label" data-toggle="tab" class="nav-link" role="tab" aria-controls="tab-pl" aria-selected="false">#grieg-subtab-pl|Polski</btn></li>
</ul>
 
<div class="tab-content">
<div id="grieg-subtab-en" class="tab-pane fade in active" role="tabpanel" aria-labelledby="tab1Label">
 
<br/>
[[File:Logo_Norway_Grants.png|80px|right|link=|alt=]]
<span style="font-size:x-large;">''Interaction of natural killer cells with infected cancer cell population: microfluidics-based experiments and single-cell-level mathematical modeling''</span>
 
 
===Concepts and objectives===
The aim of the project is to analyze interactions of natural killer (NK) cells with an infected epithelial cell population at the single-cell resolution. We investigate two respiratory epithelial cell lines: cancerous and non-cancerous, and two respiratory viruses: respiratory syncytial virus (RSV) and influenza A virus (IAV). Our main objectives are as follows:
 
* Elucidation of the impact of the NK cell-induced cell death on the dynamics of propagation and eradication of RSV and IAV infections.
 
* Determination of the potential of NK cells to induce immunogenic cell death in infected cells, that can potentially activate adaptive immune response.
 
* Development of a droplet-based microfluidic system to perform experiments on co-cultures of epithelial and NK cells (living in droplets), that will enable data acquisition at the single-cell resolution.
 
* Development of a mathematical model capturing interactions of NK cells with an infected cell population at the single-cell resolution.
 
 
===Team===
[[File:Tomasz_Lipniacki.jpg|150px|right|alt=|Prof. Tomasz Lipniacki|link=|frameless]]
IPPT PAN:
* '''Prof. Tomasz Lipniacki, PhD''' (head)
* Wiktor Prus, PhD
* Maciej Czerkies, PhD
* Zbigniew Korwek, PhD
* Joanna Jaruszewicz-Błońska, PhD
* Marek Kochańczyk, PhD
* Paulina Koza, PhD
* Damian Zaremba, MSc
* Felipe Nieves Marques Porto, MSc
* Frederic Grabowski, BSc
SINTEF AS (core team):
* Elizaveta Vereshchagina, PhD (head)
* Linda Sønstevold, PhD
* Michal Marek Mielnik, PhD
* Geir Uri Jensen, PhD
* Shruti Jain, MSc
* Enrique Escobedo-Cousin, PhD
 
 
===Research===
====Scientific publications====
* <span class="pmbm">Grabowski&nbsp;F</span>, <span class="nopmbm">Preibisch&nbsp;G</span>, <span class="nopmbm">Giziński&nbsp;S</span>, <span class="pmbm">Kochańczyk&nbsp;M</span>, <span class="pmbm">Lipniacki&nbsp;T</span>.  '''SARS-CoV-2 Variant of Concern 202012/01 has about twofold replicative advantage and&nbsp;acquires concerning mutations''', ''Viruses'' <u>13</u>(3):392 (2021) [https://doi.org/10.3390/v13030392 CrossRef] [https://doi.org/10.1101/2020.12.28.20248906 medRxiv] | [https://www.mdpi.com/1999-4915/13/3/392/pdf PDF]<br/>[[File:article_alpha_1.png|x175px]] [[File:article_alpha_2.png|x175px]]<br/><br/>
* <span class="pmbm">Grabowski&nbsp;F</span>, <span class="pmbm">Kochańczyk&nbsp;M</span>, <span class="pmbm">Lipniacki&nbsp;T</span>. '''The spread of SARS-CoV-2 variant Omicron with the doubling time of 2.0–3.3 days can be explained by immune evasion''', ''Viruses'' <u>14</u>(2):294 (2022) [https://doi.org/10.3390/v14020294 CrossRef] [https://dx.doi.org/10.1101/2021.12.08.21267494 medRxiv] | [https://www.mdpi.com/1999-4915/14/2/294/pdf PDF] [https://susy.mdpi.com/user/review/displayFile/23340271/tDGR6nk0?file=author-coverletter&report=16624478 Correspondence]<br/>[[File:article_omicron_1.png|x175px]]<br/><br/>
* <span class="nopmbm">Mines&nbsp;RC</span>, <span class="pmbm">Lipniacki&nbsp;T</span>, <span class="nopmbm">Shen&nbsp;X</span>. '''Slow nucleosome dynamics set the transcriptional speed limit and induce RNA polymerase II traffic jams and bursts''', ''PLOS Comput&nbsp;Biol'' <u>18</u>(2):e1009811 (2022) [https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1009811 CrossRef]<br/>[[File:article_nucleodyn_1.png|175px]]<br/><br/>
* <span class="pmbm">Korwek&nbsp;Z</span>, <span class="pmbm">Czerkies&nbsp;M</span>, <span class="pmbm">Jaruszewicz-Błońska&nbsp;J</span>, <span class="pmbm">Prus&nbsp;W</span>, <span class="pmbm">Kosiuk&nbsp;I</span>, <span class="pmbm">Kochańczyk&nbsp;M</span>, <span class="pmbm">Lipniacki&nbsp;T</span>. '''Non-self RNA rewires IFNβ signaling: A mathematical model of the innate immune response''' (submitted) [https://doi.org/10.1101/2022.01.30.478391 bioRxiv]<br/>[[File:article_non-self_1.png|300px]]<br/>[[File:article_non-self_2.png|300px]]<br/><br/>
====Other====
* Lecture: ''SARS-CoV-2 super-spreaders and super-spreading Variant of Concern 202012/01'', University of Warsaw, Faculty of Physics (Tomasz Lipniacki)
* Lecture: ''SARS‐CoV‐2 Variant of Concern 202012/01 has about twofold replicative advantage and acquires concerning mutations'', University of Warsaw, Faculty of Mathematics, Informatics and Mechanics, BOB seminar (Frederic Grabowski)
* Keynote lecture: ''Mathematical modeling of innate immune response to viral infection'', Joint KMM-VIN / ViCEM / ESB cross-disciplinary workshop, Vienna, Austria 2022 (Tomasz Lipniacki) [https://www.conftool.com/kmm-vicem-esb-2022/sessions.php Conference website]
* Talk: ''Dissecting innate immunity responses to viral infection at the single-cell level'', Inverse Problems Meeting (virtual conference) [https://sites.google.com/view/inverseproblems/speakers#h.j2k1s8my7uft Video]
* Talk: ''Non-self RNA rewires IFNβ signaling: A model of the innate immune response'', q-Bio 2022, Colorado State University (Tomasz Lipniacki) [https://q-bio.org/wp/wp-content/uploads/2022/05/Lipniacki_Tomasz.pdf Abstract] [https://pmbm.ippt.pan.pl/presentations/2022--q-Bio--Lipniacki.pdf Slides]
 
 
 
===Technology===
With our collaborators from SINTEF AS we investigate the performance of the thermoplastic material PMP in microfluidic devices for organ-on-a-chip and long-term cell cultivation on chip applications. The assessment includes investigating cell adherence and proliferation, material suitability for confocal microscopy, compatibility with common chemicals, device fabrication, and most importantly assessment of gas permeability for oxygen supply during 4 days of cell culturing.
 
[[File:PMP_device_1.png|x200px]]
[[File:PMP_device_2.png|x200px]]
<br/>
Device used in experiments (article under preparation).
 
 
 
===In media===
====Newspaper====
* Gazeta Wyborcza, interview, March 2020 ([https://wyborcza.pl/7,75400,25824141,matematyczny-model-rozwoju-epidemii-prof-lipniacki-ograniczenia.html Polish] | [https://wyborcza.pl/7,173236,25831548,poland-follows-down-the-italian-path-prof-lipniacki-author.html English])
* Gazeta Wyborcza, interview, June 2020 ([https://wyborcza.pl/7,75400,25920600,prof-lipniacki-musimy-wiedziec-kto-i-jak-sie-zakaza-aby.html Polish])
* Newsweek Polska, interview, October 2020 ([https://www.newsweek.pl/polska/koronawirus-w-polsce-geometryczny-niemal-wzrost-zachorowan-na-covid-19-co-dalej/dby9xdd Polish])
* Gazeta Wyborcza, article, October 2020 ([https://wyborcza.pl/7,75400,26410669,prof-lipniacki-lockdown-tak-ostry-i-natychmiast.html Polish])
* Gazeta Wyborcza, article, November 2020 ([https://wyborcza.pl/7,75400,26503391,prof-lipniacki-polska-leci-w-covidowej-mgle.html Polish])
* Gazeta Wyborcza, interview, July 2021 ([https://wyborcza.pl/7,75400,26665472,prof-lipniacki-sars-cov-2-po-raz-kolejny-znaczaco-zmutowal.html Polish])
 
====Broadcast====
* Polsat News, debate on pandemic development and role of vaccinations, November 2020 ([https://www.youtube.com/watch?v=KQIvgg9Oopo&t=391 Polish])
* Polsat News, debate on New Year restrictions, December 2020 ([https://www.youtube.com/watch?v=EvZq4QO9CVw&t=75s Polish])
* TVN24, debate on lockdown strategy, April 2021 ([https://tvn24.pl/polska/koronawirus-w-polsce-profesor-tomasz-lipniacki-i-doktor-habilitowana-barbara-pabjan-komentuja-5065942 Polish])
* Polsat News, debate on 4th wave of COVID-19, August 2021 ([https://www.youtube.com/watch?v=rFn_J6nDjo0&t=1554s Polish])
* Radio TOK FM, three separate conversations ([https://audycje.tokfm.pl/gosc/13792,prof-Tomasz-Lipniacki Polish])
 
 
 
===Contact===
Lab head &ndash; [http://www.ippt.pan.pl/en/staff/tlipnia Prof. Tomasz Lipniacki].
 
 
 
===Funding===
[[Image:Logo_Norway_Grants.png|40px|left|link=|alt=]]
This research is funded by the '''Norwegian Financial Mechanism GRIEG-1'''<br/>
(grant 2019/34/H/NZ6/00699, operated by the National Science Centre, Poland).
 
</div>  <!-- grieg-subtab-en -->
 
<div id="grieg-subtab-pl"  class="tab-pane fade" role="tabpanel" aria-labelledby="tab2Label">
 
<br/>
[[File:Logo_Norway_Grants.png|80px|right|link=|alt=]]
<span style="font-size:x-large;">''Oddziaływanie komórek NK z populacją zainfekowanych komórek rakowych: eksperymenty w urządzeniach mikroprzepływowych i modelowanie matematyczne na poziomie pojedynczych komórek''</span>
 
 
===Cele projektu===
Celem projektu jest analiza oddziaływań komórek “Naturalnych Zabójców” (ang. Natural Killer, NK) z zakażonymi rakowymi komórkami nabłonka płuc na poziomie pojedynczych komórek. Badamy dwie linie komórek nabłonka oddechowego, z których jedna ma pochodzenie nowotworowe oraz dwa wirusy: syncytialny wirus nabłonka oddechowego (RSV) oraz wirus grypy typu A (IAV). Nasze główne zadania badawcze są następujące:
 
* wyjaśnienie wpływu cytotoksyczności komórek NK wobec zakażonych komórek na dynamikę rozprzestrzeniania się oraz eliminacji infekcji wirusami RSV i IAV;
 
* ustalenie potencjału komórek NK do indukowania w zakażonych komórkach tzw. immunogennej śmierci komórkowej zdolnej do aktywacji mechanizmów nabytej obrony odpornościowej;
 
* rozwój systemu mikrofluidyki kropelkowej przeznaczonej prowadzenia doświadczeń na kokulturach komórek nabłonkowych i komórek NK, który pozwoli na zbieranie danych na poziomie poszczególnych komórek;
 
* rozwój modelu matematycznego opisującego interakcje komórek NK z zainfekowaną populacją komórek nabłonkowych, na poziomie pojedynczych komórek.
 
 
===Zespół===
[[Image:Tomasz_Lipniacki.jpg|150px|right|alt=|link=|Prof. Tomasz Lipniacki|frameless]]
IPPT PAN:
* '''prof. Tomasz Lipniacki (kierownik projektu)'''
* dr Wiktor Prus
* dr Maciej Czerkies
* dr Zbigniew Korwek
* dr Joanna Jaruszewicz-Błońska
* dr Marek Kochańczyk
* dr Paulina Koza
* mgr Damian Zaremba
* mgr Felipe Nieves Marques Porto
* lic. Frederic Grabowski
SINTEF AS (core team):
* dr Elizaveta Vereshchagina (koordynator strony norweskiej)
* dr Linda Sønstevold
* dr Michal Marek Mielnik
* dr Geir Uri Jensen
* mgr Shruti Jain
* dr Enrique Escobedo-Cousin
 
 
===Wyniki===
====Publikacje====
* <span class="pmbm">Grabowski&nbsp;F</span>, <span class="nopmbm">Preibisch&nbsp;G</span>, <span class="nopmbm">Giziński&nbsp;S</span>, <span class="pmbm">Kochańczyk&nbsp;M</span>, <span class="pmbm">Lipniacki&nbsp;T</span>.  '''SARS-CoV-2 Variant of Concern 202012/01 has about twofold replicative advantage and&nbsp;acquires concerning mutations''', ''Viruses'' <u>13</u>(3):392 (2021) [https://doi.org/10.3390/v13030392 CrossRef] [https://doi.org/10.1101/2020.12.28.20248906 medRxiv] | [https://www.mdpi.com/1999-4915/13/3/392/pdf PDF]<br/>[[File:article_alpha_1.png|x175px]] [[File:article_alpha_2.png|x175px]]<br/><br/>
* <span class="pmbm">Grabowski&nbsp;F</span>, <span class="pmbm">Kochańczyk&nbsp;M</span>, <span class="pmbm">Lipniacki&nbsp;T</span>. '''The spread of SARS-CoV-2 variant Omicron with the doubling time of 2.0–3.3 days can be explained by immune evasion''', ''Viruses'' <u>14</u>(2):294 (2022) [https://doi.org/10.3390/v14020294 CrossRef] [https://dx.doi.org/10.1101/2021.12.08.21267494 medRxiv] | [https://www.mdpi.com/1999-4915/14/2/294/pdf PDF] [https://susy.mdpi.com/user/review/displayFile/23340271/tDGR6nk0?file=author-coverletter&report=16624478 Korespondencja]<br/>[[File:article_omicron_1.png|x175px]]<br/><br/>
* <span class="nopmbm">Mines&nbsp;RC</span>, <span class="pmbm">Lipniacki&nbsp;T</span>, <span class="nopmbm">Shen&nbsp;X</span>. '''Slow nucleosome dynamics set the transcriptional speed limit and induce RNA polymerase II traffic jams and bursts''', ''PLOS Comput&nbsp;Biol'' <u>18</u>(2):e1009811 (2022) [https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1009811 CrossRef]<br/>[[File:article_nucleodyn_1.png|175px]]<br/><br/>
* <span class="pmbm">Korwek&nbsp;Z</span>, <span class="pmbm">Czerkies&nbsp;M</span>, <span class="pmbm">Jaruszewicz-Błońska&nbsp;J</span>, <span class="pmbm">Prus&nbsp;W</span>, <span class="pmbm">Kosiuk&nbsp;I</span>, <span class="pmbm">Kochańczyk&nbsp;M</span>, <span class="pmbm">Lipniacki&nbsp;T</span>. '''Non-self RNA rewires IFNβ signaling: A mathematical model of the innate immune response''' (submitted) [https://doi.org/10.1101/2022.01.30.478391 bioRxiv]<br/>[[File:article_non-self_1.png|300px]]<br/>[[File:article_non-self_2.png|300px]]<br/><br/>
====Inne====
* Wykład: ''SARS-CoV-2 super-spreaders and super-spreading Variant of Concern 202012/01'', Uniwersytet Warszawski, Wydział Fizyki (Tomasz Lipniacki)
* Wykład: ''SARS‐CoV‐2 Variant of Concern 202012/01 has about twofold replicative advantage and acquires concerning mutations'', Uniwersytet Warszawski, Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki, seminarium BOB (Frederic Grabowski)
* Wykład zaproszony: ''Mathematical modeling of innate immune response to viral infection'', Joint KMM-VIN / ViCEM / ESB cross-disciplinary workshop, Vienna, Austria 2022 (Tomasz Lipniacki) [https://www.conftool.com/kmm-vicem-esb-2022/sessions.php strona konferencji]
* Wystąpienie: ''Dissecting innate immunity responses to viral infection at the single-cell level'', Inverse Problems Meeting (virtual conference) [https://sites.google.com/view/inverseproblems/speakers#h.j2k1s8my7uft dostępne online]
* Wystąpienie: ''Non-self RNA rewires IFNβ signaling: A model of the innate immune response'', q-Bio 2022, Colorado State University (Tomasz Lipniacki) [https://q-bio.org/wp/wp-content/uploads/2022/05/Lipniacki_Tomasz.pdf podsumowanie] [https://pmbm.ippt.pan.pl/presentations/2022--q-Bio--Lipniacki.pdf Slajdy]
 
 
 
===Technologia===
Wraz z naszymi współpracownikami z SINTEF AS badamy działanie termoplastycznego materiału PMP w urządzeniach mikroprzepływowych do organ-on-a-chip i długoterminowej hodowli komórek na chipach. Ocena obejmuje badanie przylegania i proliferacji komórek, przydatność materiału do mikroskopii konfokalnej, zgodność z powszechnie stosowanymi substancjami chemicznymi, wytwarzanie urządzeń i, co najważniejsze, ocenę przepuszczalności gazu dla dostarczania tlenu podczas 4 dni hodowli komórek.
 
[[File:PMP_device_1.png|x200px]]
[[File:PMP_device_2.png|x200px]]
<br/>
Urządzenie używane w eksperymentach (publikacja w przygotowaniu).
 
 
 
===W mediach===
====Gazety====
* Gazeta Wyborcza, wywiad, marzec 2020 ([https://wyborcza.pl/7,75400,25824141,matematyczny-model-rozwoju-epidemii-prof-lipniacki-ograniczenia.html po polsku], [https://wyborcza.pl/7,173236,25831548,poland-follows-down-the-italian-path-prof-lipniacki-author.html po angielsku])
* Gazeta Wyborcza, wywiad, czerwiec 2020 ([https://wyborcza.pl/7,75400,25920600,prof-lipniacki-musimy-wiedziec-kto-i-jak-sie-zakaza-aby.html po polsku])
* Newsweek Polska, wywiad, październik 2020 ([https://www.newsweek.pl/polska/koronawirus-w-polsce-geometryczny-niemal-wzrost-zachorowan-na-covid-19-co-dalej/dby9xdd po polsku])
* Gazeta Wyborcza, artykuł, październik 2020 ([https://wyborcza.pl/7,75400,26410669,prof-lipniacki-lockdown-tak-ostry-i-natychmiast.html po polsku])
* Gazeta Wyborcza, artykuł, listopad 2020 ([https://wyborcza.pl/7,75400,26503391,prof-lipniacki-polska-leci-w-covidowej-mgle.html po polsku])
* Gazeta Wyborcza, wywiad, lipiec 2021 ([https://wyborcza.pl/7,75400,26665472,prof-lipniacki-sars-cov-2-po-raz-kolejny-znaczaco-zmutowal.html po polsku])
 
====Telewizja i radio====
* Polsat News, debata o rozwoju pandemii i roli szczepień, listopad 2020 ([https://www.youtube.com/watch?v=KQIvgg9Oopo&t=391 po polsku])
* Polsat News, debata o restrykcjach sylwestrowych, grudzień 2020 ([https://www.youtube.com/watch?v=EvZq4QO9CVw&t=75s po polsku])
* TVN24, debata o strategii lockdownów, kwiecień 2021 ([https://tvn24.pl/polska/koronawirus-w-polsce-profesor-tomasz-lipniacki-i-doktor-habilitowana-barbara-pabjan-komentuja-5065942 po polsku])
* Polsat News, debata o czwartej fali COVID-19, sierpień 2021 ([https://www.youtube.com/watch?v=rFn_J6nDjo0&t=1554s po polsku])
* Radio TOK FM, trzy rozmowy ([https://audycje.tokfm.pl/gosc/13792,prof-Tomasz-Lipniacki po polsku])
 
 
 
===Kontakt===
Kierownik Pracowni &ndash; [http://www.ippt.pan.pl/en/staff/tlipnia Prof. Tomasz Lipniacki].
 
 
 
===Finansowanie===
[[Image:Logo_Norway_Grants.png|40px|left|link=|alt=]]
Badania są finansowane z '''Norweskiego Mechanizmu Finansowego GRIEG-1'''<br/>
(grant 2019/34/H/NZ6/00699, którego operatorem jest Narodowe Centrum Nauki).
 
</div>  <!-- grieg-subtab-pl -->
</div>  <!-- tab-content (inner - language for GRIEG)-->

Revision as of 15:54, 16 September 2022


Interaction of natural killer cells with infected cancer cell population: microfluidics-based experiments and single-cell-level mathematical modeling


Concepts and objectives

The aim of the project is to analyze interactions of natural killer (NK) cells with an infected epithelial cell population at the single-cell resolution. We investigate two respiratory epithelial cell lines: cancerous and non-cancerous, and two respiratory viruses: respiratory syncytial virus (RSV) and influenza A virus (IAV). Our main objectives are as follows:

  • Elucidation of the impact of the NK cell-induced cell death on the dynamics of propagation and eradication of RSV and IAV infections.
  • Determination of the potential of NK cells to induce immunogenic cell death in infected cells, that can potentially activate adaptive immune response.
  • Development of a droplet-based microfluidic system to perform experiments on co-cultures of epithelial and NK cells (living in droplets), that will enable data acquisition at the single-cell resolution.
  • Development of a mathematical model capturing interactions of NK cells with an infected cell population at the single-cell resolution.


Team

IPPT PAN:

  • Prof. Tomasz Lipniacki, PhD (head)
  • Wiktor Prus, PhD
  • Maciej Czerkies, PhD
  • Zbigniew Korwek, PhD
  • Joanna Jaruszewicz-Błońska, PhD
  • Marek Kochańczyk, PhD
  • Paulina Koza, PhD
  • Damian Zaremba, MSc
  • Felipe Nieves Marques Porto, MSc
  • Frederic Grabowski, BSc

SINTEF AS (core team):

  • Elizaveta Vereshchagina, PhD (head)
  • Linda Sønstevold, PhD
  • Michal Marek Mielnik, PhD
  • Geir Uri Jensen, PhD
  • Shruti Jain, MSc
  • Enrique Escobedo-Cousin, PhD


Research

Scientific publications

  • Grabowski F, Preibisch G, Giziński S, Kochańczyk M, Lipniacki T. SARS-CoV-2 Variant of Concern 202012/01 has about twofold replicative advantage and acquires concerning mutations, Viruses 13(3):392 (2021) CrossRef medRxiv | PDF
    Article alpha 1.png Article alpha 2.png

  • Grabowski F, Kochańczyk M, Lipniacki T. The spread of SARS-CoV-2 variant Omicron with the doubling time of 2.0–3.3 days can be explained by immune evasion, Viruses 14(2):294 (2022) CrossRef medRxiv | PDF Correspondence
    Article omicron 1.png

  • Mines RC, Lipniacki T, Shen X. Slow nucleosome dynamics set the transcriptional speed limit and induce RNA polymerase II traffic jams and bursts, PLOS Comput Biol 18(2):e1009811 (2022) CrossRef
    Article nucleodyn 1.png

  • Korwek Z, Czerkies M, Jaruszewicz-Błońska J, Prus W, Kosiuk I, Kochańczyk M, Lipniacki T. Non-self RNA rewires IFNβ signaling: A mathematical model of the innate immune response (submitted) bioRxiv
    Article non-self 1.png
    Article non-self 2.png

Other

  • Lecture: SARS-CoV-2 super-spreaders and super-spreading Variant of Concern 202012/01, University of Warsaw, Faculty of Physics (Tomasz Lipniacki)
  • Lecture: SARS‐CoV‐2 Variant of Concern 202012/01 has about twofold replicative advantage and acquires concerning mutations, University of Warsaw, Faculty of Mathematics, Informatics and Mechanics, BOB seminar (Frederic Grabowski)
  • Keynote lecture: Mathematical modeling of innate immune response to viral infection, Joint KMM-VIN / ViCEM / ESB cross-disciplinary workshop, Vienna, Austria 2022 (Tomasz Lipniacki) Conference website
  • Talk: Dissecting innate immunity responses to viral infection at the single-cell level, Inverse Problems Meeting (virtual conference) Video
  • Talk: Non-self RNA rewires IFNβ signaling: A model of the innate immune response, q-Bio 2022, Colorado State University (Tomasz Lipniacki) Abstract Slides


Technology

With our collaborators from SINTEF AS we investigate the performance of the thermoplastic material PMP in microfluidic devices for organ-on-a-chip and long-term cell cultivation on chip applications. The assessment includes investigating cell adherence and proliferation, material suitability for confocal microscopy, compatibility with common chemicals, device fabrication, and most importantly assessment of gas permeability for oxygen supply during 4 days of cell culturing.

PMP device 1.png PMP device 2.png
Device used in experiments (article under preparation).


In media

Newspaper

  • Gazeta Wyborcza, interview, March 2020 (Polish | English)
  • Gazeta Wyborcza, interview, June 2020 (Polish)
  • Newsweek Polska, interview, October 2020 (Polish)
  • Gazeta Wyborcza, article, October 2020 (Polish)
  • Gazeta Wyborcza, article, November 2020 (Polish)
  • Gazeta Wyborcza, interview, July 2021 (Polish)

Broadcast

  • Polsat News, debate on pandemic development and role of vaccinations, November 2020 (Polish)
  • Polsat News, debate on New Year restrictions, December 2020 (Polish)
  • TVN24, debate on lockdown strategy, April 2021 (Polish)
  • Polsat News, debate on 4th wave of COVID-19, August 2021 (Polish)
  • Radio TOK FM, three separate conversations (Polish)


Contact

Lab head – Prof. Tomasz Lipniacki.


Funding

This research is funded by the Norwegian Financial Mechanism GRIEG-1
(grant 2019/34/H/NZ6/00699, operated by the National Science Centre, Poland).


Oddziaływanie komórek NK z populacją zainfekowanych komórek rakowych: eksperymenty w urządzeniach mikroprzepływowych i modelowanie matematyczne na poziomie pojedynczych komórek


Cele projektu

Celem projektu jest analiza oddziaływań komórek “Naturalnych Zabójców” (ang. Natural Killer, NK) z zakażonymi rakowymi komórkami nabłonka płuc na poziomie pojedynczych komórek. Badamy dwie linie komórek nabłonka oddechowego, z których jedna ma pochodzenie nowotworowe oraz dwa wirusy: syncytialny wirus nabłonka oddechowego (RSV) oraz wirus grypy typu A (IAV). Nasze główne zadania badawcze są następujące:

  • wyjaśnienie wpływu cytotoksyczności komórek NK wobec zakażonych komórek na dynamikę rozprzestrzeniania się oraz eliminacji infekcji wirusami RSV i IAV;
  • ustalenie potencjału komórek NK do indukowania w zakażonych komórkach tzw. immunogennej śmierci komórkowej zdolnej do aktywacji mechanizmów nabytej obrony odpornościowej;
  • rozwój systemu mikrofluidyki kropelkowej przeznaczonej prowadzenia doświadczeń na kokulturach komórek nabłonkowych i komórek NK, który pozwoli na zbieranie danych na poziomie poszczególnych komórek;
  • rozwój modelu matematycznego opisującego interakcje komórek NK z zainfekowaną populacją komórek nabłonkowych, na poziomie pojedynczych komórek.


Zespół

IPPT PAN:

  • prof. Tomasz Lipniacki (kierownik projektu)
  • dr Wiktor Prus
  • dr Maciej Czerkies
  • dr Zbigniew Korwek
  • dr Joanna Jaruszewicz-Błońska
  • dr Marek Kochańczyk
  • dr Paulina Koza
  • mgr Damian Zaremba
  • mgr Felipe Nieves Marques Porto
  • lic. Frederic Grabowski

SINTEF AS (core team):

  • dr Elizaveta Vereshchagina (koordynator strony norweskiej)
  • dr Linda Sønstevold
  • dr Michal Marek Mielnik
  • dr Geir Uri Jensen
  • mgr Shruti Jain
  • dr Enrique Escobedo-Cousin


Wyniki

Publikacje

  • Grabowski F, Preibisch G, Giziński S, Kochańczyk M, Lipniacki T. SARS-CoV-2 Variant of Concern 202012/01 has about twofold replicative advantage and acquires concerning mutations, Viruses 13(3):392 (2021) CrossRef medRxiv | PDF
    Article alpha 1.png Article alpha 2.png

  • Grabowski F, Kochańczyk M, Lipniacki T. The spread of SARS-CoV-2 variant Omicron with the doubling time of 2.0–3.3 days can be explained by immune evasion, Viruses 14(2):294 (2022) CrossRef medRxiv | PDF Korespondencja
    Article omicron 1.png

  • Mines RC, Lipniacki T, Shen X. Slow nucleosome dynamics set the transcriptional speed limit and induce RNA polymerase II traffic jams and bursts, PLOS Comput Biol 18(2):e1009811 (2022) CrossRef
    Article nucleodyn 1.png

  • Korwek Z, Czerkies M, Jaruszewicz-Błońska J, Prus W, Kosiuk I, Kochańczyk M, Lipniacki T. Non-self RNA rewires IFNβ signaling: A mathematical model of the innate immune response (submitted) bioRxiv
    Article non-self 1.png
    Article non-self 2.png

Inne

  • Wykład: SARS-CoV-2 super-spreaders and super-spreading Variant of Concern 202012/01, Uniwersytet Warszawski, Wydział Fizyki (Tomasz Lipniacki)
  • Wykład: SARS‐CoV‐2 Variant of Concern 202012/01 has about twofold replicative advantage and acquires concerning mutations, Uniwersytet Warszawski, Wydział Matematyki, Informatyki i Mechaniki, seminarium BOB (Frederic Grabowski)
  • Wykład zaproszony: Mathematical modeling of innate immune response to viral infection, Joint KMM-VIN / ViCEM / ESB cross-disciplinary workshop, Vienna, Austria 2022 (Tomasz Lipniacki) strona konferencji
  • Wystąpienie: Dissecting innate immunity responses to viral infection at the single-cell level, Inverse Problems Meeting (virtual conference) dostępne online
  • Wystąpienie: Non-self RNA rewires IFNβ signaling: A model of the innate immune response, q-Bio 2022, Colorado State University (Tomasz Lipniacki) podsumowanie Slajdy


Technologia

Wraz z naszymi współpracownikami z SINTEF AS badamy działanie termoplastycznego materiału PMP w urządzeniach mikroprzepływowych do organ-on-a-chip i długoterminowej hodowli komórek na chipach. Ocena obejmuje badanie przylegania i proliferacji komórek, przydatność materiału do mikroskopii konfokalnej, zgodność z powszechnie stosowanymi substancjami chemicznymi, wytwarzanie urządzeń i, co najważniejsze, ocenę przepuszczalności gazu dla dostarczania tlenu podczas 4 dni hodowli komórek.

PMP device 1.png PMP device 2.png
Urządzenie używane w eksperymentach (publikacja w przygotowaniu).


W mediach

Gazety

Telewizja i radio

  • Polsat News, debata o rozwoju pandemii i roli szczepień, listopad 2020 (po polsku)
  • Polsat News, debata o restrykcjach sylwestrowych, grudzień 2020 (po polsku)
  • TVN24, debata o strategii lockdownów, kwiecień 2021 (po polsku)
  • Polsat News, debata o czwartej fali COVID-19, sierpień 2021 (po polsku)
  • Radio TOK FM, trzy rozmowy (po polsku)


Kontakt

Kierownik Pracowni – Prof. Tomasz Lipniacki.


Finansowanie

Badania są finansowane z Norweskiego Mechanizmu Finansowego GRIEG-1
(grant 2019/34/H/NZ6/00699, którego operatorem jest Narodowe Centrum Nauki).

Retrieved from "https://pmbm.ippt.pan.pl/index.php?title=Grants/Grieg&oldid=1531"